就讀市立見瀧原中學二年級的少女鹿目圓是個出生于良好家庭，親朋好友，有哭有笑，誰都擁有的日常生活的女孩。有一天。一名神秘轉學生曉美焰的出現，讓小圓開始改變了自己的命運。 小圓和朋友在回家途中發現一只暗中喊求救人話的神秘生物，已經傷痕累累。追殺這個神秘生物的人，竟然是小圓認識的神秘轉校生曉美焰。之后遇上小圓的同校學生巴麻美后，神秘生物透露出自己的身份。自稱是“丘比”的神秘生物要少女們“和我訂下契約成為魔法少女吧”。 但現實遠比小圓所想的越來越殘酷，魔法少女的真相一再沖擊著小圓想成為魔法少女的想法……