東京峰會開辦地是東京灣邊的新建筑“海之邊緣”，將在5月1日開辦峰會的時候將有約2萬名警察出動。然而某一天卻在那里發生了發生超大規模的爆炸事件，在那里還出現了安室透的身影。對于不是峰會舉辦當日而是之前發生爆炸，以及安室透難以理解的行動，柯南感覺到了極大的違和感。 就在這時，現場證物上留下的指紋，竟然和毛利小五郎的指紋一致！這究竟隱藏著怎樣的陰謀。圍繞著逮捕小五郎，尋找真相的柯南和安室透陷入敵對。 謎一般的安室透，究竟是敵人，還是隊友？“機密任務”的倒計時，已經向“那個時間”開始了...