400萬年前，為了逃離戰亂連年的塞博坦星，被稱為“微型金剛”的小型變形金剛種族駕駛宇宙船飛離了星球，然而，他們的太空船穿越時空之后，卻墜落在地球上。 400萬年后，一位名為雷德的地球少年和同學們不經意在太空船中發現了其中一架微型金剛，微型金剛復活的訊號也在同時傳到了汽車人和霸天虎手上，為了爭奪微型金剛，兩軍前往地球，并且繼續在塞博坦星的戰爭......