與主人公同一個學校的從小就認識的玉城麻衣子性格相當堅強，另一方面因為有主人公這樣一個青梅竹馬而變得猶猶豫豫。每天面對這樣的女孩子，還要和班級的同學一起嘻鬧，原本平凡的過著每一天。 直到有一天在月臺的人一下子全部消失了。也就在那個時候主人公和遷凌碰面了。和這個在無人的世界唯一生存下來的少女相遇后，主人公的日常生活被破壞了。 接二連三的發生了很多不可思議的事情，這個世界是假的嗎？還是說是自己的記憶有問題？同時面前又出現了迷之少女……所謂的潘多拉計劃究竟是什么？世界的真實是怎么樣的呢？