為了紀念《新世紀福音戰士》從企畫開始到2003年滿10周年，由庵野秀明 總指揮、角川書店、SEGA、BANDAI等共同組成參與的全新企畫制作。 突襲世界的大災難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇源堂叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇源堂所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人造人型生物與使徒戰斗。從未受過作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。